Inne rodziny z których wyróżniania zrezygnowano w systemie APG III: Limnocharitaceae, Luzuriagaceae, Sparganiaceae, Ledocarpaceae, Heteropyxidaceae, Psiloxylaceae, Oliniaceae, Rhynchocalycaceae, Parnassiaceae, Maesaceae, Myrsinaceae, Theophrastaceae, Eremosynaceae, Polyosmaceae, Tribelaceae, Aralidiaceae, Mackinlayaceae, Melanophyllaceae.
W systemie APG III zaakceptowanych zostało po raz pierwszy 20 nowych rodzin, nieobecnych we wcześniejszych wersjach systemów APG: Petermanniaceae, Schoepfiaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae, Talinaceae, Anacampserotaceae, Centroplacaceae, Calophyllaceae, Guamatelaceae, Gerrardinaceae, Dipentodontaceae, Capparaceae, Cleomaceae, Cytinaceae, Mitrastemonaceae, Metteniusaceae, Linderniaceae, Thomandersiaceae, Quintiniaceae.
Liczba rodzin o niejasnej pozycji systematycznej, nie przypisanych do żadnego rzędu została zmniejszona w APG III do 10 z 39 w wersji z 2003. Rodziny Apodanthaceae i Cynomoriaceae stanowią taksony o niejasnej pozycji systematycznej (incertae sedis) w obrębie okrytonasiennych. Osiem pozostałych rodzin umieszczanych jest w różnych grupach grupujących określone rzędy okrytonasiennych. Rodziny o niejasnej pozycji w systemie:
Apodanthaceae, Cynomoriaceae, Dasypogonaceae, Sabiaceae, Dilleniaceae, Icacinaceae, Metteniusaceae, Oncothecaceae, Vahliaceae, Boraginaceae.