W 1980 został poddany operacji mózgu. Interwencja chirurgów polegała na usunięciu tętniaka, który mógł doprowadzić do śmierci artysty. W wyniku operacji niemal całkowicie stracił pamięć. Amnezja objęła również umiejętność gry na gitarze oraz wszystko to, co do tej pory było w jego życiu związane z muzyką. Po pewnym czasie, po wielu spotkaniach i rozmowach z przyjaciółmi, których początkowo nie poznawał, pamięć częściowo wróciła. Jednak nie w części związanej z muzyką. Nie był tym tematem zainteresowany, mimo dość dużej presji ze strony rodziny (ojciec bardzo często odtwarzał w domu stare nagrania Pata). Martino wyjechał nawet ze Stanów, jednak na prośby ojca powrócił. Zaczął ćwiczyć grę na gitarze i w 1987 nagrał nawet płytę zatytułowaną The Return.
Choroba, a potem śmierć rodziców pogorszyła jego stan zdrowia. Jakiś czas spędził nawet w szpitalu na oddziale zamkniętym. W ramach terapii lekarze zalecili mu pracę z komputerem. Na Macintoshu Apple 128K, który otrzymał, zainstalowany był prosty program muzyczny. Bez obciążeń psychicznych, bez myśli o konieczności kontynuowania muzycznej kariery grał dla przyjemności, bawił się dźwiękami.