Przyczyną nalotu podaną do publicznej wiadomości było zablokowanie dróg wycofującym się wojskom Republiki, w tym celu planowano zniszczenie mostu Renteria oraz stacji kolejowej. Wskazują na to zapisy w dzienniku szefa sztabu Legionu Condor Wolframa von Richthofena, zgodnie z którymi „[bombowce] zostały skierowane do Guerniki, by zatrzymać i zakłócić wycofywanie się czerwonych, którzy musieli tamtędy przejść”. Jednakże według niektórych ekspertów operacja była przeprowadzona jako eksperyment, miano testować nową taktykę bojową i sprawdzić skutki zmasowanego ataku lotnictwa. Jeden ze współczesnych historyków twierdzi, że bombardowanie było „karą dla zdradzieckich katolickich Basków za opowiedzenie się po stronie czerwonych”. Rozkaz zbombardowania miasteczka von Richthofenowi przekazał o 6 rano 26 kwietnia pułkownik Juan Vigón, dowódca 1. Brygady Nawarryjskiej, powołując się na rozkazy samego Franco. Sugeruje się, że Vigón chciał wykorzystać chaos i panikę w mieście, by móc wyprowadzić uderzenie na Durango.