Postawa w okresie II wojny światowej W czasie II wojny światowej Cortot poparł niemiecką okupację Francji. Był członkiem Rady Narodowej (Conseil national), ciała doradczego rządu Vichy, piastując stanowisko komisarza ds. sztuk pięknych. Grywał opłacane przez nazistów koncerty w Niemczech (np. w Berlinie w 1942 r.), występował też na oficjalnych koncertach w okupowanej stolicy Francji.
W 1941 otrzymał też Order Galijskiej FranciskiFrançois Anselmini: Alfred Cortot musicien du xxe siècle, perspectives biographiques, Actes des Conférences 4-8 juillet 2012. Journées Internationales, Tournus Alfred Cortot, s. 35. Po upadku Vichy i wyzwoleniu kraju zakazano mu występów, został uznany przez francuską opinię publiczną za persona non grata.
W 1945 r. wyjechał z kraju i zamieszkał w Szwajcarii. Koncertował jednak nadal poza Francją, m.in. w Anglii.
Repertuar Mimo uwielbienia dla muzyki niemieckiej, nie wykonywał prawie wcale utworów Bacha, Mozarta, Beethovena, Schuberta czy Brahmsa. Nie sięgał też po muzykę rosyjską. Wykonywał przede wszystkim muzykę kompozytorów francuskich – Camille'a Saint-Saënsa, Gabriela Faurégo, Claude'a Debussy'ego i Maurice'a Ravela.