Grażynka, kelnerka w miejscowej gospodzie, okazuje się stygmatyczką. Jakub poddaje się jej urokom i spółkuje z nią, o czym dowiadują się miejscowi wierni. Ci zamierzają najpierw ukamienować Jakuba, ale ich gniew zwraca się ku naznaczonej Grażynce. Ksiądz Andrzej ryzykuje swój autorytet, by powstrzymać gniewnych mieszkańców wsi przed samosądem.
Obsada Źródło: Filmpolski.pl
Produkcja Po powodzeniu Jańcia Wodnika (1993) Kolski wszczął przygotowania do swojego kolejnego autorskiego filmu. Cudowne miejsce powstawało przy bardzo niskim budżecie, na dodatek proces produkcji przebiegał w atmosferze skandalu. Gdy kuria wrocławska dowiedziała się, że w filmie dojdzie do sceny erotycznej pomiędzy księdzem a „osobą cywilną”, wycofała zezwolenie na sfilmowanie części utworu w kościele; dopiero po wyjaśnieniach ze strony reżysera zezwolono ponownie na zdjęcia. Kolski podkreślał, że jego celem nie było nakręcenie filmu antyklerykalnego, ale ukazanie mglistości granicy między animizmem a chrześcijaństwem.