Równocześnie flotylla ewakuowała 18 tysięcy radzieckich cywilów.
Ostateczne rozformowanie Z wycofaniem się Finlandii z wojny przeciw ZSRR i zaprzestaniem wojskowych działań na jeziorze Ładoga flotyllę rozwiązano 4 listopada 1944 roku, a jej jednostki przekazano Flocie Bałtyckiej, w której składzie uczestniczyły w zdobywaniu obszarów nadbałtyckich.
Działania bojowe w latach 1941–1944 Działania w 1941 roku Flotylla była w stałym kontakcie z oddziałami wycofującymi się wzdłuż brzegów jeziora Ładoga oraz zapewniła ewakuację dywizji piechoty, spychanej przez przeciwnika do jeziora. Ewakuacja została przeprowadzona bardzo szybko. W czasie ewakuacji 168 Dywizji Strzelców udało się wywieźć nie tylko żołnierzy, ale większość broni i sprzętu, w tym nawet haubice. W sumie wywieziono z trzech dywizji 23 tysiące ludzi, 140 dział, duże ilości innej broni i sprzętu.
Niemcy kontynuowali ofensywę na zachodnim i wschodnim brzegu i wkrótce zaczęli przejmować kontrolę nad przybrzeżnymi wyspami. Od 10 sierpnia flotylla miała za zadanie utrzymanie wschodniego brzegu jeziora Ładoga i wykonanie desantów na wyspy Lunkulansaari i Mantsinsaari. Desantowanie ze statków flotylli wykonano 24 lipca, wysp jednak nie utrzymano. 28 lipca pozostałości desantu, który poniósł ciężkie straty, ewakuowano.