Flotylla przeprowadziła także atak na wyspę Wałaam. Długotrwałe, ciężkie walki trwały prawie miesiąc, ale w końcu desant musiał opuścić wyspę. Pozostałe garnizony wysp Wałaamskich zostały ewakuowane do 10 września. Ewakuacja garnizonu wyspy Rahmansaari nie powiodła się. Nie przyjęto propozycji przeciwnika do poddania się.
W lipcu – wrześniu 1941 roku flotylla ogniem artyleryjskim wspierała wojska 23, 7 i 54 Armii, wysadzała desanty, przewoziła wojsko i ładunki, ewakuowała część 4 Brygady Piechoty Morskiej i garnizony wysp Wałaam, Koniewiec i innych, a także ludność i przemysłowe wyposażenie z Leningradu.
8 września wróg zajął Szlisselburg i zamknął pierścień okrążenia wokół Leningradu. W celu uwolnienia miasta zorganizowano operację, w której uczestniczyła też flotylla. Pomiędzy 19 a 26 września w Szlisselburgu desantowano z jednostek pływających wojska spadochronowe dla wsparcia 54 Armii wykonującej główny atak przełamujący blokadę, jednak desant nie powiódł się. Przygotowany w pośpiechu, został przeprowadzony w złych warunkach pogodowych i ze zdecydowaną przewagą przeciwnika. Oblężenia nie przerwano.