Działania w 1943 roku W styczniu 1943 roku Rosjanie zaatakowali ponownie; tym razem odzyskali Szlisselburg, dzięki czemu dostawy mogły docierać do Leningradu drogą lądową. Podczas operacji Iskra flotylla aktywnie uczestniczyła w likwidacji blokady. Pomimo ogromnego politycznego i wojskowego znaczenia Szlisselburga w pierwszym okresie blokady Leningradu, jego przejęcie nie zmieniło działań flotylli. Pomimo ponownego włączenia do użytku linii kolejowych, które prowadziły na tym terenie dostawę do Leningradu, nie zaniechano przewozu towarów na drogach po zamarzniętym jeziorze, a od kwietnia drogą wodną. W 1942–1943 roku skład Flotylli był uzupełniany statkami, kutrami i brzegowymi bateriami artyleryjskimi.
Działania w 1944 roku W styczniu 1944 roku Rosjanie przeprowadzili w pełni skoordynowany atak wszystkich frontów na południu i 19 stycznia 1944 Leningrad został odblokowany.
Pomiędzy czerwcem a sierpniem flotylla aktywnie uczestniczyła w operacji wyborsko-pietrozawodzkiej. Okręty flotylli ubezpieczały flanki 7 Armii Frontu Karelskiego, zapewniały wojskom wsparcie ogniowe, wysadzały desanty, zabezpieczały forsowanie rzek i przewoziły wojska.