Flotylla brała udział w tułowskiej operacji desantowej (23–27 czerwca), w której na tyłach przeciwnika zdobyto przyczółek i poprzecinano szlaki komunikacyjne.
Wsparcie Leningradu Od początku oblężenia Leningradu głównym zadaniem flotylli była dostawa zaopatrzenia dla miasta i ewakuacja ludności cywilnej. Bazę flotylli przeniesiono do Nowej Ładogi. Obok latarni Osinowiec rozpoczęto budowę urządzeń portowych do załadunku i rozładunku statków. Dnia 29 października 1941 roku położono na dnie jeziora Ładoga 43 km opancerzony kabel, który przez długi czas był jedynym przewodowym połączeniem Leningradu ze światem zewnętrznym.
Pod koniec października, z zachodniego do wschodniego brzegu jeziora Ładoga zostały przeniesione dwie dywizje i brygady piechoty morskiej. Tymi siłami udało się zatrzymać ofensywę nieprzyjaciela na Wołchow, zapobiegając tym samym zamknięciu drugiego pierścienia okrążenia wokół Leningradu.
Był to krytyczny moment dla flotylli. Ze względu na niebezpieczeństwo pełnego okrążenia flotylla została zobowiązana do przygotowania się do zniszczenia budynków, obiektów i statków w bazie w Nowej Ładodze. W tym czasie flotylla przekazała armii lądowej wiele broni ręcznej, działa i amunicję.