W roku 1948 Wyspy Owcze uzyskały autonomię w ramach Królestwa Danii w ramach tak zwanej Zasady Samostanowienia. Pierwszym rządem po tej zmianie pokierował Andrass Samuelsen. Kristian Djurhuus został wtedy ministrem bez teki do 12 maja 1950 roku, kiedy wybrano go premierem. Jego pierwszy gabinet składał się z dwóch ministrów bez tek, z których obaj byli członkami Partii Ludowej (far. Fólkaflokkurin). W skład drugiego rządu, utworzonego 18 grudnia 1954 wszedł jeden polityk Partii Niepodległościowej, Edward Mitens. Był to jeden z powodów wystąpień produńskich w rejonie miasta Klaksvík, zwanych Klaksvíksstríðið. 15 listopada 1955 roku skazano pierwszych winnych w tychże wystąpieniach, czego skutkiem mogło być ostrzelanie domu Kristiana Djurhuusa z pistoletu maszynowego trzy dni później. Djurhuus ani żaden z jego domowników nie ucierpiał w tym ataku.
Wystąpienia w Klaksvík spowodowały spadek popularności Kristiana Djurhuusa i całej jego partii. W wyborach parlamentarnych w roku 1958 wygrała Partia Socjaldemokratyczna (Javnaðarflokkurin) i nowym premierem został Peter Mohr Dam (9 stycznia 1959). W roku 1965, po 45 latach sprawowania urzędu, zrezygnował ze stanowiska gubernatora regionu Suðuroy.