W roku 1945 w głąb Rosji wywieziono również ukraińskich głosicieli, działających przedtem na wschodzie Polski. Ogółem w latach 1940–1945 wywieziono ponad 1000 Świadków Jehowy. Kolejna zsyłka ponad 4800 Świadków Jehowy z Mołdawskiej SRR miała miejsce 6 lipca 1949 roku. W latach 1947–1950 aresztowano 1048 Świadków Jehowy i ich sympatyków.
Ponieważ w wyniku wojny na terenie ZSRR znalazły się setki Świadków Jehowy mieszkających na ziemiach zajętych przez ZSRR, w 1946 roku zanotowano około 1600 głosicieli na terenie całego państwa. Pod koniec lat 40. liczba Świadków znacznie przekroczyła już 8000. Większość głosicieli zamieszkiwała głównie w Mołdawskiej SRR i Ukraińskiej SRR. W 1947 roku aresztowano 313 Świadków Jehowy, a trzech zostało zastrzelonych. Ponad 200 było torturowanych i zostało osadzonych w łagrach.
W sierpniu 1948 na terenie Estońskiej SRR aresztowano i uwięziono pięć osób kierujących działalnością wyznania na terenie tej republiki. W 1949 roku władze ZSRR ponownie odmówiły rejestracji tego wyznania bez podania listy wszystkich Świadków Jehowy mieszkających na terenie całego ZSRR. Świadkowie Jehowy narazili się sowieckiej władzy, głównie z powodu odmowy służby wojskowej i braku zaangażowania w proradziecką działalność polityczną.