W latach 90. XX wieku przystąpiono do konsekwentnego i przemyślanego upiększania świątyni. Głównym celem proboszcza ks. Stefana Kośnika było, aby wystrój kościoła stanowił swoistą katechezę – pomoc wiernym w zbliżeniu się do Boga poprzez czytelne znaki obecne we wnętrzu. W głównym ołtarzu umieszczono ceramiczną mozaikę autorstwa Wojciecha Łoskota, ukazującą niebo – cel, do którego zmierza każdy chrześcijanin. W centralnej, pionowej osi kompozycji znajduje się Trójca Przenajświętsza, poniżej znak Eucharystii. Trójcę otaczają aniołowie, a niżej — święci Piotr i Paweł, patroni parafii. Znak Eucharystii adorowany jest przez dwóch aniołów. Całość niesie przesłanie: na ziemi Chrystus pozostawił siebie w Eucharystii, aby przez nią prowadzić wiernych do nieba. Na ścianie oddzielającej prezbiterium od nawy głównej umieszczono wizerunki św. Stanisława biskupa i męczennika – patrona archidiecezji warszawskiej, oraz św. Andrzeja Boboli – patrona Metropolii Warszawskiej. Obrazy wykonał Lech Grześkiewicz wraz z synem Piotrem.
W oknach świątyni znajdują się witraże przedstawiające 24 świętych i błogosławionych Polaków wyniesionych na ołtarze przez Jana Pawła II w pierwszych 20 latach jego pontyfikatu.