Ponad połowa malezyjskiej części półwyspu wznosi się na ponad 150 m n.p.m.
Wzdłuż wybrzeży Malezji Zachodniej ciągną się rozległe, zabagnione niziny; na zachodzie niziny biegną pasem o szerokości 15–80 km, na wschodzie dużo węższym. Równoległe do linii brzegowej wschodniego wybrzeża ciągną się piaszczyste wały o długości ok. 20 km.
U wybrzeży leżą niewielkie wyspy, m.in. Penang i Pulau Tioman.
Malezja Wschodnia W Malezji Wschodniej dominują liczne, silnie rozczłonkowane pasma górskie z najwyższym masywem – Górami Crockera, gdzie znajduje się najwyższy szczyt kraju – Gunung Kinabalu (4101 m n.p.m.). Góry Crockera zostały wypiętrzone podczas orogenezy alpejskiej i zbudowane są przede wszystkim z piaskowców i wapieni. Obszar Gunung Kinabalu podlega ochronie – powstał tu Park Narodowy Kinabalu, który w 2000 roku został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO.
Wzdłuż wybrzeży Borneo ciągnie się pas nadmorskich nizin, gdzie tak jak w przypadku Malezji Zachodniej tak i tu w wielu miejscach niziny są silnie zabagnione. W stanie Sarawak niziny biegną pasem o szerokości 30–60 km, a w stanie Sabah – 15–30 km.
U wybrzeży leżą niewielkie wyspy, m.in. Pulau Banggi i Pulau Labuan.