1 stycznia 1942 roku następuje reorganizacja baonu. Zostają dwie kompanie. 1- por. A. Kłeczyński, 2 – por. S. Sowiński. Powstaje kompania saperów kolejowych – por. W. Kulikowskiego, dowódcami plutonów są: ppor. M. Król, ppor. J. Chyczewski, ppor. K. Downarowicz, ppor. M. Rutkowski. Kompanię Parkową obejmuje por. Placyd Chomicki, oraz oficerowie ppor. L. Hołyński i sierż. J. Szugiel, a por. K. Podoliński zostaje kwatermistrzem batalionu.
W trakcie II ewakuacji w okresie od 7 do 13 sierpnia 1942 batalion razem z innymi oddziałami 5 DP ewakuowany został do bazy ewakuacyjnej w Krasnowodzku, skąd 12 i 13 sierpnia drogą morską przybyły do Pahlevi w Iranie. Następnie żołnierze przeszli kwarantannę na plażach oraz oddzielono chorych. W okresie 16–24 sierpnia transportem kołowym batalion został przewieziony do obozu 5 Wileńskiej Dywizji Piechoty w Khanaqin. Do połowy września żołnierze urządzali obóz budowali obiekty obozu, w tym szpitale, kuchnie i sanitariaty. Wielu żołnierzy chorowało zapełniając szpitale, pozostali mimo ciężkich warunków klimatycznych w polepszonych warunkach bytowych odzyskiwali siły. W dniu 14 października do batalionu przybyli instruktorzy i grupa oficerów z jednostek 1 Korpusu Polskiego z Wielkiej Brytanii. 19 października saperzy otrzymali pierwsze pojazdy, sprzęt saperski i buldożery.