W tym samym czasie z batalionu zgłosiła się grupa żołnierzy do służby w jednostkach lotniczych PSP w Wielkiej Brytanii. Od listopada 1942 roku 5 batalion funkcjonował w składzie trzech liniowych kompanii saperów i kompanii parkowej. Od 1 listopada 1942 roku do 15 marca 1943 roku 3 kompania saperów wraz z wydzielonymi jednostkami roboczymi budowała Polski Szpital Wojenny nr 2. Po zakończeniu prac 3 kompania została rozwiązana, dowódcy przeniesieni do innych jednostek, a pozostali oficerowie i saperzy uzupełnili etaty pozostałych kompanii 5 batalionu saperów. Z uwagi na reorganizację dywizji i utworzenie w oparciu o dowództwo i pododdziały 5 batalionu nowego 5 Kresowego Batalionu Saperów, z dniem 11 marca 1943 roku jednostka weszła w skład 5 Kresowej Dywizji Piechoty. Kompanie 1 i 2 saperów zostały przemianowane na 4 i 5 kompanie saperów, z rozwiązanej 6 Lwowskiej Dywizji Piechoty do batalionu została włączona 6 kompania saperów, kompania parkowa pozostała w dotychczasowym składzie. Jednocześnie od początku pobytu w Iraku oficerów i podoficerów batalionu kierowano na kursy i szkolenia do brytyjskich ośrodków wyszkolenia saperów w Ismailla w Egipcie, kursy maskowania w Egipcie i Palestynie.