W polskim Centrum Wyszkolenia Saperów w Quizil Ribat i Habbaniya kursy odbywały całe kompanie oraz na kursach szturmowych w Centrum Wyszkolenia Piechoty. W maju i czerwcu 1943 roku batalion otrzymał niemal pełne wyposażenie i należne uzbrojenie. Prowadził ochronę i zabezpieczenie saperskie dróg, rafinerii oraz rurociągów. W ramach ćwiczeń rozpoznawano rzeki, przełęcze pod kątem inżynieryjnym na wypadek działań bojowych. Szkolono się w budowie mostów i przepraw. Dodatkowo w batalionie szkolono plutony pionierów; 4 kompania – 5 Wileńskiej Brygady Piechoty, 6 kompania – 6 Lwowskiej Brygady Piechoty, a 5 kompania plutony szturmowe 15 Pułku Ułanów Poznańskich. W sierpniu 1943 r. w Mosulu nad rzeką Little-Zab saperzy z 5 KDP i 3 Dywizji Strzelców Karpackich zostali zgrupowani odbywając kilku dobowe ćwiczenia-zawody z zakresu rozbrajania pól minowych i budowy mostów. W sierpniu 5 Kresowy Batalion Saperów został przemieszczony do Palestyny w pobliżu Gazy. 5 kompania saperów wraz z 5 WBP w listopadzie wyjechała do Libanu w okolice miejscowości Tripoli celem odbycia ćwiczeń wysokogórskich. W tym samym czasie 6 kompania doskonaliła ćwiczenia w budowie przepraw na rzece Eufrat w Habbaniya, w trakcie ćwiczeń utonął saper.