wybudowano nowe prezbiterium flankowane dwiema wieżami i dwukrotnie powiększono transept. Po zakończeniu tego etapu rozbudowy (od 1250 do ok. 1260) nawa główna z bocznymi miały taką sama szerokość jak transept.
W I połowie XIV w. powiększono kościół poprzez wybudowanie po stronie południowej tzw. kaplicy wielkiej (szw. Stora kapellet) w stylu gotyckim. Podwyższono przy tym mury nawy głównej, tak że kościół stał się zewnętrznie znowu bazyliką (wewnątrz nie towarzyszyło temu podniesienie sklepień). Podwyższenie murów nawy głównej było podyktowane chęcią uzyskania miejsca na składowanie pieniędzy, dokumentów i ksiąg handlowych należących do bogatych mieszczan. Przy rozbudowie świątyni inspirowano się wzorami francuskimi, także jeśli chodzi o wystrój wnętrza. Podwyższono przy tym parę wschodnich wież. Ponieważ dobudowanie nowej kaplicy pogorszyło oświetlenie wnętrza kościoła, podniesiono gotyckie okna w korpusie świątyni a u schyłku stulecia zmieniono również okna późnoromańskie. Po 1349 bracia Simon i Greger Swerting wybudowali tzw. chór kupiecki (szw. Köpmankoret) dla upamiętnienia ojca niemieckiego burmistrza Visby Hermana Swertinga, straconego w 1342.