Nowo wzniesiona budowla była dołączona do kaplicy Wielkiej po stronie południowej.
W 1409 biskup Knut Bosson (Natt och Dag) z Linköping konsekrował obraz Najświętszej Marii Panny. W 1423 z inicjatywy gotlandzkich członków parafii podwyższono mury wieży zachodniej, a w połowie stulecia nakryto hełmami obie wieże wschodnie.
W 1525 wybuchł konflikt między Lubeką i rezydującym na zamku Visborg Sörenem Norrby. Przybyli z Lubeki Niemcy spalili wszystkie kościoły w mieście z wyjątkiem kościoła św. Jana (St. Hans kyrka) i kościoła Mariackiego. Kościołem parafialnym stał się kościół św. Jana. Gdy ok. 1533/1534 pan lenny Henrik Rosencrantz zdecydował ze względów obronnych o wyburzeniu wież kościoła św. Jana, mieszkańcy miasta zostali zmuszeni do opuszczenia swego kościoła. Wówczas to kościół Mariacki został wybrany jako miejski kościół parafialny i w 1572 podniesiony do rangi katedry wraz z erygowaniem diecezji w Visby.
Na początku XVII w. wschodnia część kościoła, w tym hełmy obu wież, spłonęła w wyniku pożaru. W 1630 podwyższono dwa okna w części zachodniej. W 1639 zbudowano schody w wieżach i zakupiono deski na poddasze znajdujące się ponad sklepieniami.