W 1973 roku wojskowi nadali nową konstytucję która nadała autonomię trzem prowincjom południowym i wprowadzała system monopartyjny (rządzącą formacją był Sudański Związek Socjalistyczny). W przeciągu lat 70. miały miejsce częste demonstracje i próby zamachów stanu. W 1983 roku na południu utworzona została separatystyczna Ludowa Armia Wyzwolenia Sudanu. Rebelia przerodziła się w II wojnę domową. Przyczyną wybuchu konfliktu było wprowadzenie w kraju prawa opartego na szariacie. W 1985 roku rządy generała an-Numajriego zakończył kolejny zamach stanu. Nowa junta wprowadziła system wielopartyjny i rządy Rady Najwyższej. W 1988 roku władze Sudanu próbowały zawrzeć porozumienie z separatystami, co nie udało się ze względu na sprzeciw ze strony fundamentalistów islamskich.
W 1989 roku władzę w wyniku zamachu stanu przejęła Rewolucyjna Rada Ocalenia Narodowego, na czele której stanął Umar al-Baszir. W 1993 roku Rada została rozwiązana, zaś al-Baszir objął stanowisko prezydenta Sudanu. Od tamtej pory wygrywał wszystkie kolejne wybory prezydenckie (1996, 2000, 2010 i 2015), natomiast jego partia – Kongres Narodowy, umocniła się jako dominująca siła polityczna w państwie. Od 1999 roku w kraju obowiązywał stan wyjątkowy.