W roku 2005 zawarto pokój z południem, znosząc obowiązywanie w nim szariatu i zgadzając się na referendum niepodległościowe w roku 2011, w efekcie którego Południe 9 lipca 2011 ogłosiło niepodległość. Stosunki z Sudanem Południowym układały się niepomyślnie, a przyczyną konfliktu była nieuregulowana granica wzdłuż pól roponośnych. W związku z tym dochodziło do walk granicznych, a 11 kwietnia 2012 Sudan ogłosił stan wojny z Sudanem Południowym. Od 2003 roku rząd sudański musi zmagać się z konfliktem w Darfurze, gdzie doszło do walk pomiędzy arabskimi koczownikami i czarnoskórymi rolnikami, przy czym al-Baszir zdecydował się popierać tych pierwszych.
11 kwietnia 2019 doszło do wojskowego zamachu stanu, kierowanego przez Ahmada Awada ibn Aufa, w wyniku którego wieloletni prezydent Umar al-Baszir przestał pełnić swą funkcję. Wcześniej od grudnia w kraju trwały protesty spowodowane złą sytuacją gospodarczą.
25 października 2021 doszło do ponownego zamachu stanu, w wyniku którego uwięziono premiera Abd Allaha Hamduka, wprowadzono stan wyjątkowy i zdymisjonowano rząd.
15 kwietnia 2023 roku rozpoczęły się starcia pomiędzy paramilitarnymi Siłami Szybkiego Reagowania a Siłami Zbrojnymi Sudanu.