Po wywiezieniu w roku 1939 ks. dziekana Jana Góralika do obozu koncentracyjnego w Dachau, ks. Marcin Jabłoński mianowany został przez arcybiskupa krakowskiego zastępcą dziekana na polską część Orawy. Kiedy władze hitlerowskie włączyły tereny Orawy do Słowacji, nad tą częścią archidiecezji krakowskiej stosownie do przepisów prawa kościelnego, arcybiskup Adam Stefan Sapieha zlecił tymczasową jurysdykcję kościelną ks. Wojtaszakowi. Ksiądz Jabłoński występował więc jako kapłan archidiecezji krakowskiej pełniąc obowiązki dziekana, bronił swojego biskupa i kapłanów, którzy pozostali na parafiach (ks. ks. Józefa Buronia, Jana Maślaka, Karola Machaya). Pozostałym księżom polskim nie pochodzącym z Orawy władze cywilne zabroniły pełnienia posługi kapłańskiej (ks, Łysek z Jabłonki wyjechał do Kasiny Małej, ks. Zaremba z Chyżnego mieszkał przez całą okupację u jednego z gazdów).
Mimo nacisku słowackich władz cywilnych i kościelnych ks. Jabłoński nie wyrzekł się polskiej narodowości. Podczas okupacji słowackiej okazał się, jak pisał o nim po wojnie ks. Ferdynand Machay: