W 1993 reaktywował kapitułę sieradzką. Zatwierdził statut kurialnego wydziału duszpasterskiego, a także ustanowił diecezjalną radę duszpasterską oraz radę ruchów i stowarzyszeń katolickich. W 1996 zamknął proces informacyjny 108 męczenników II wojny światowej. Ustanowił sanktuarium Urodzin i Chrztu św. Faustyny i erygował Gimnazjum i Liceum Ogólnokształcące im. ks. Jana Długosza we Włocławku. W 1999 podejmował w Licheniu papieża Jana Pawła II. 25 marca 2003 Jan Paweł II przyjął jego rezygnację z obowiązków biskupa diecezjalnego diecezji włocławskiej.
W strukturach Episkopatu Polski został współprzewodniczącym Komisji Mieszanej ds. Dialogu Teologicznego między Kościołem Rzymskokatolickim i Kościołem Starokatolickim Mariawitów oraz przewodniczącym Komitetu ds. Dialogu z Niewierzącymi (w ramach Rady ds. Dialogu Religijnego). Pozostał na stanowisku krajowego duszpasterza Ruchu Odnowy w Duchu Świętym, a następnie objął funkcję delegata ds. Odnowy w Duchu Świętym. Został asystentem kościelnym Rady Ruchów Katolickich w Polsce, wszedł w skład Rady Naukowej, Rady ds. Ekumenizmu i Rady ds. Apostolstwa Świeckich. Ponadto w latach 1991–2001 należał do Międzynarodowej Rady Katolickiej Odnowy Charyzmatycznej.