Następny sezon dla Baroša nie był już tak dobry. Sezon zaczął grając obok Juana Pabla Ángela, jednakże po krótkim czasie dostał kontuzji i stracił miejsce na rzecz Luki Moore'a i wschodzącej gwiazdy ekipy z Aston Villa - Gabriela Agbonlahora. Trener Martin O’Neill postanowił dać szansę do pokazania się Czechowi przed zimowym okienkiem transferowym. 11 stycznia 2007 roku strzelił wyrównującą bramkę w meczu z Sheffield United, mecz zakończył się wynikiem 2-2. To jednak nie było na tyle wystarczające, aby zawodnik pozostał w klubie.
Olympique Lyon 26 stycznia 2007 roku dołączył do Olympique Lyon prowadzonego przez Gérarda Houlliera. Zawodnik został wymieniony za Johna Carewa, który z Aston Villą podpisał 3,5 letni kontrakt. Baroš debiut w nowym klubie zaliczył 24 stycznia 2007 w meczu ligowym przeciwko Girondins Bordeaux.
18 kwietnia 2007 kwietnia w meczu z Stade Rennais, Baroš został oskarżony o rasistowskie gesty w stosunku do kameruńskiego gracza Stéphane Mbia. 4 maja tego samego roku został uznany za niewinnego rasistowskich zachowań, ale za te niesportowe został zawieszony do końca sezonu.