1 czerwca 2005 ukazała się na stronach IPN publikacja, w której ujawniono treść dokumentów odnalezionych w archiwach IPN na temat inwigilacji polskiego Kościoła katolickiego, związanych z o. Konradem Hejmo. Zdaniem IPN współpraca ojca Hejmo trwała co najmniej 13 lat – zebrane w IPN materiały dotyczą lat 1975–1988. Donosy miały dotyczyć Kościoła katolickiego, otoczenia papieża i polskiej opozycji politycznej. Pracownicy IPN twierdzą, że w materiałach archiwalnych są dowody współpracy ojca Hejmo w latach 70 XX w. z IV Departamentem MSW, rozpracowującym Kościół w Polsce, natomiast po wyjeździe do Watykanu z I Departamentem MSW, czyli wywiadem. Według prezesa IPN w posiadaniu Instytutu są dwie taśmy magnetofonowe z nagraniami wypowiedzi o. Hejmo – jedna kasetowa i jedna na szpuli.
Konrad Hejmo zaprzeczył tej informacji IPNO. Hejmo stanowczo odpiera zarzuty [dostęp 2.04.2010].Ojciec Hejmo: Profesorowie IPN kontynuują robotę esbeków Gazeta.pl, Wiadomości [dostęp 2.04.2010].. W wywiadzie udzielonym korespondentce TVP Agnieszce Gawerskiej przyznał, że mógł nieświadomie przekazywać informacje osobie, którą zarekomendował episkopat niemiecki, a którą nazywa „Andrzejem M.” Uważa, że ta osoba mogła być agentem tajnych służb, polskich lub wschodnioniemieckiego (Stasi).