Dużą cześć rękopisów stanowią materiały z Gimnazjum Akademickiego. 7457 jednostek w zbiorach kartograficznych. Kolekcja ta obejmuje atlasy i globusy z XVI i XVII wieku, luźne mapy Polski, Pomorza, Prus, Europy oraz świata od XVI wieku po najnowsze wydawnictwa. W skład zbiorów wchodzą m.in. najstarsze mapy całościowe Polski, opublikowane w atlasach Abrahama Orteliusa z roku 1573 i 1598, szczegółowa mapa Prus Caspra Hennebergera z 1576 roku, komplety XVIII-wiecznych map wieloarkuszowych Polski autorstwa Jana Jakuba Kantera, plany Torunia od XVII wieku, Mapa archeologiczna Prus Zachodnich z przyległymi częściami W. Ks. Poznańskiego z 1880 roku, będąca jedną z pierwszych map archeologicznych w Polsce. 26 318 tytułów wchodzących w skład starych druków z inkunabułami. Najstarsze z nich pochodzą z XV wieku. Kolekcja inkunabułów składa się z 73 pozycji bibliograficznych w 62 woluminach. Większość inkunabułów wytłoczono w niemieckich i włoskich oficynach drukarskich. Książnica nie posiada inkunabułów wydanych na terenie Polski. Najstarsze książki drukowane wchodzące w skład zbiorów wydano w 1472 roku. Są to ilustrowane kosmografie o powstaniu i budowie świata autorstwa Honoriusza z Autun i Izydora z Sewillii. Z XV wieku pochodzą również drukowane podręczniki do geometrii i astronomii.