Druki wydawane w wiekach XVI-XVIII są poświęcone: filologii klasycznej, historii, geografii, medycynie, naukom ścisłym (wśród nich pierwsze wydanie De revolutionibus orbium coelestium Mikołaja Kopernika z 1543 roku, dzieła Galileusza, Keplera, Newtona, Heweliusza) i przyrodniczym, prawu, teologii, filozofii i pedagogii. W zbiorach znajduje się również Assertiones aliquot breves pro baptismo infantium Erazma Glicznera z 1569 roku, będący pierwszą książką wydrukowaną w Toruniu. 19 294 jednostek dokumentów życia społecznego, będącymi materiałami o charakterze informacyjnym, reklamowym bądź propagandowym, związanymi z wydarzeniami kulturalnymi, naukowymi, społeczno-politycznymi, sportowymi, gospodarczymi Torunia. W skład tej kolekcji wchodzą m.in. plakaty Juliana Fałata i Artura Górskiego propagujące działalność Konfraterni Artystów, teatralia dokumentujące premiery teatru toruńskiego, świadectwa działalności artystycznej prowadzonej przez jeńców angielskich i amerykańskich podczas II wojny światowej w Stalagu XX A. Fotografie stanowią wyodrębnioną kolekcję. uniwersalny księgozbiór naukowy liczący ok. 778 tys. woluminów, w tym 101 tys. wydawnictw ciągłych i czasopism. W składzie tzw. zbiorów nowych dominują wydawnictwa regionalne o charakterze humanistyczno-społecznym.