Kamień węgielny pod budowę muzeum wmurowano w listopadzie 2016, z udziałem prezydenta Andrzeja Dudy oraz ministra kultury i dziedzictwa narodowego Piotra Glińskiego. Budowa zakończyła się w 2020, a muzeum zostało otwarte 14 sierpnia 2020 przez prezydenta Dudę, ministra Glińskiego i przedstawicieli Fundacji Rodziny Józefa Piłsudskiego w przeddzień 100. rocznicy Bitwy Warszawskiej.
W sierpniu 2020 rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Andrzeja Dudy dwór Milusin został ustanowiony pomnikiem historii.
11 listopada 2024 roku została otwarta „Bibuła” – Tajna Drukarnia Józefa i Marii Piłsudskich, stanowiąca filię muzeum w Łodzi, przy ul. Wschodniej 19.
Dyrektorzy Krzysztof Jaraczewski (2008–2018) Robert Supeł (2018–2021) Robert Andrzejczyk (od 2022; p.o. od 1 sierpnia 2021)
Działalność Wystawa stała prezentuje życie Józefa Piłsudskiego na szerokim tle historyczno-społecznym. Podzielona została na pięć galerii chronologicznych: Ziuk, Wiktor, Komendant, Naczelnik i Marszałek, oraz szóstą galerię – Symbol – odnoszącą się do pamięci o Józefie Piłsudskim, do pozostawionego przez niego dziedzictwa, a także istniejących wokół postaci mitów i symboli.