W latach 1643–1648 w ratuszu odbywał się kongres pokojowy mający na celu zakończenie wojny trzydziestoletniej. Mimo trwających walk Münster został ogłoszony miastem neutralnym. W kongresie uczestniczyli przedstawiciele zwaśnionych stron, austriackich Habsburgów i Królestwa Francji. Specjalnie na tę okazję ratusz został udekorowany przez artystę Everharda Alerdincka. Pamiątką bezpośrednio związaną z pokojem westfalskim jest puchar toastowy w formie koguta, prezentowany dziś w Sali Pokoju. Równolegle w dolnosaskim Osnabrücku, w tamtejszym ratuszu miały miejsce negocjacje pokojowe pomiędzy Cesarstwem a Królestwem Szwecji. Pokój westfalski podpisano w Münsterze 24 października 1648, wcześniej – 15 maja 1648 pokój podpisano w Osnabrücku. Równocześnie w ratuszu w Münsterze prowadzono rokowania pokojowe pomiędzy Hiszpanią i Niderlandami, które sfinalizowano podpisaniem pokoju (znanego w literaturze jako pokój w Münsterze) dnia 15 maja 1648. Hiszpańscy Habsburgowie uznali niepodległość Republiki Siedmiu Zjednoczonych Prowincji Niderlandzkich.