Historia XIII–XV w. Z 1263 pochodzi pierwsza wzmianka o kościele św. Mikołaja w Greifswaldzie. Datowanie to jest dowodem, iż kościół już wtedy istniał. Budowa świątyni rozpoczęła się od wzniesienia jednonawowego prezbiterium, do którego później dobudowano od zachodu trzynawowy korpus halowy. W tym samym czasie rozpoczęto budowę wieży zachodniej. Ok. 1362 w kościele zamontowano pierwsze organy. W latach 1385–1395 wzniesiono nowe, prosto zamknięte prezbiterium. Oznaczało to zakończenie pierwszego etapu budowy kościoła.
17 października 1456 dzięki staraniom biskupa kamieńskiego Henninga Iwena powstał Uniwersytet w Greifswaldzie. Biskup wraz ze swoim biskupem pomocniczym Albrechtem Katschenem uroczyście poświęcił uniwersytet w obecności księcia pomorskiego Warcisława IX i wszystkich rajców miejskich;