Powstała pierwsza turecka stocznia w Kios, budująca statki wojenne rękoma miejscowej ludności greckiej. Później, w 1789, sułtan turecki Selim założył nową wojskową stocznię, która działała aż do 1860.
Czasy krucjat Kios był w centrum walk krzyżowców i ucierpiał w ich wyniku. W czasie I wyprawy ludowej w roku znajdował się tam ufortyfikowany obóz wojskowy pod nazwą „Civetot” (Kibotos), gdzie krzyżowcy ludowi zostali pokonani przez Turków. Po długiej walce krzyżowcy zepchnęli Seldżuków do kraju blisko Ikonium. Podczas IV krucjaty, kiedy cesarzem był Aleksy III Angelos, a oblężenie Konstantynopola było w toku, Kios zdobyli Frankowie w 1207, którzy trzymali go aż do wyzwolenia przez cesarza Michała VIII Paleologa w 1261.
Panowanie osmańskie W 1300 Turcy pojawili się pod dowództwem Osmana I, niszcząc wszystkie przybrzeżne miasta Propontydy oraz zdobywając Bursę w 1326. Po dziesięciu latach, podczas ciężkiego oblężenia, zdobyli Kios. Miasto było zupełnie zniszczone aż do fundamentów, a jego obywatele uciekli na Górę Argathonion. Po trzech latach, otrzymując prawo powrotu, zamieszkali na obszarze poniżej murów miejskich, znanym jako Kastrina (blisko ruin kościoła Theomanna). Odbudowali Kościół Koimisis Theotokou (kościół katedralny) lub Pasariotissa oraz zaczęli organizować swoje życie.