Ponownie został jednak zawieszony w pełnieniu tychże obowiązków z powodu otwarcie niechętnej postawy wobec autokefalii Kościoła prawosławnego w Polsce. We wrześniu 1937 ponownie zmuszony do zamieszkania w klasztorze, z zachowaniem tytułu biskupa kamieńsko-kaszyrskiego.
Działalność w czasie II wojny światowej 25 czerwca 1940 złożył przed arcybiskupem Mikołajem (Jaruszewiczem) akt pokutny, dzięki czemu został ponownie duchownym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Razem z arcybiskupem Aleksym (Gromadzkim) współtworzył Ukraiński Autonomiczny Kościół Prawosławny w jurysdykcji Cerkwi Rosyjskiej. 28 października 1940 został wikariuszem jego eparchii wołyńskiej z zachowaniem dawnego tytułu, zaś 28 marca 1941 mianowany arcybiskupem. 22 sierpnia 1941 arcybiskup Aleksy (Gromadzki) skierował go na katedrę odeską i chersońską, na której pozostawał do marca 1943. Przez kolejny rok zamieszkiwał w Odessie bez przydzielonych obowiązków. W czasie pracy duszpasterskiej na ziemiach ukraińskich przejawiał wyraźne poglądy prohitlerowskie i antyradzieckie.