Wody Uzbekistan leży na obszarze bezodpływowym, a jedynym większym zbiornikiem wodnym jest południowa część Jeziora Aralskiego. Sieć rzeczna jest rozwinięta głównie we wschodniej części kraju. Na bezodpływowym obszarze, zajmującym centralną część Azji (35% powierzchni Azji) głównym zlewiskiem cieków wodnych jest Jezioro Aralskie. Największą rzeką jest Amu-daria, która na terytorium Uzbekistanu liczy 945 km. Amu-daria płynie od południowo-wschodniej granicy kraju, przez jego centrum (przez pustynie Kyzył-Kum)Znaczna część rzek ginie na pustyni i wysycha, głównie w okresie letnim, dotyczy to także Amu-darii. Do innych ważnych rzek należą: Syr-daria o długości 385 km na obszarze kraju i Zerawszan o długości 455 km.
Ważną rolę w kraju odgrywają zbiorniki retencyjne. Największym zbiornikiem jest Zbiornik Szardarski na granicy z Kazachstanem o powierzchni 900 km². Drugim co do wielkości jest Zbiornik Kajrakkumski o powierzchni 513 km². Poza zbiornikami retencyjnym w kraju znajduje się sieć licznych kanałów nawadniających.