Gleby Prawie całą powierzchnia kraju jest pokryta mało urodzajnymi, płytkimi glebami, a w wielu miejscach warstwa glebowa nie istnieje. Na Wyżynie Ustiurt, która jest obszarem pustynnym tereny pokrywają prymitywne gleby pustynne – yermosole. Na pustyni Kyzył-Kum, a także w niektórych miejsca wyżej wspomnianej wyżyny, znajdują się obszary bezglebowe, zajęte przez pustynie piaszczyste, ruchome piaski i wydmy, Glejsole występują w Kotlinie Fergańskiej i w dolinie Zerawszanu. W dolinach rzecznych zalegają aluwialne fluwisole. Podnóża gór Tienszanu i Gór Hisaro-Ałajskich są pokryte pustynnymi szaroziemami – kserosole. Lokalnie w Uzbekistanie występują sołonczaki. W górach zaś główną formacją glebową są kambisole i litosole.
Flora Szata roślinna pod względem zagęszczenia jest bardzo uboga. Lasy zajmują zaledwie 3% powierzchni kraju i skupiają się głównie w dolinach rzek, gdzie rosną tugaje – lasy wierzbowo-topolowe. W dolinach rzecznych występują także bagna porośnięte trzciną. Poza dolinami rzek, tereny leśne w formie lasostepów występują na terenach górskich między 1500 a 2800 m n.p.m. rosną tam niewielkie formacje lasów liściastych, które wyżej przechodzą w roślinność alpejską. Niżej (poniżej 1500 m n.p.m.) na przedgórzach występują stepy i trawiaste przedgórza.