Resztę kraju zajmują tereny pustynne, gdzie dominuje roślinność efemeryczna, saksuały i akacje piaskowe. W Uzbekistanie występują pustynie piaszczyste, piołunowe i słone. W wielu miejscach szata roślinna nie istnieje, głównie tam gdzie występują ruchome piaski.
Fauna
Faunę reprezentują gatunki należące do Regionu Śródziemnomorskiego i Środkowoazjatyckiego. Tereny pustynne i stepowe zamieszkuje antylopa suhak, oraz liczne gryzonie jak bobak i cokor. Na terenach pustynnych nie występują duże drapieżniki, a z mniejszych bytują korsaki i tchórze stepowe. Do ptaków należą głównie kulony piaskowe i gnieżdżące się na wodami kazarki i ohary. Liczne są gady, głównie jaszczurki, a także węże jak mokasyn dalekowschodni. Na terenach górskich żyje dzika owca, gazela dżejran i duże drapieżniki jak będący pod ochroną niedźwiedź brunatny, oraz wilk szary, a także pantera śnieżna, która także jest pod ochroną.
Obszary chronione zajmują zaledwie 0,5% powierzchni kraju. Na północny stokach Gór Turkiestańskich utworzono Uzbecki Park Narodowy o powierzchni 32,3 tys. ha. Istnieje 10 rezerwatów przyrody, a największym jest rezerwat Czatkalski, będący ostoją niedźwiedzia i pantery śnieżnej. Zajmuje on powierzchnię 300 tys. ha.
Bibliografia Encyklopedia geograficzna świata: Azja. Wydawnictwo OPRES Kraków 1998