W 1346, po przyjęciu przez Stefana Urosza IV Duszana tytułu cara, Kościół serbski stał się patriarchatem. Decyzję tę ogłoszono na soborze w Skopju w obecności delegatów monasterów Athosu, zwierzchników Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego i Arcybiskupstwa Ochrydzkiego, bez porozumienia z patriarchą Konstantynopola. Stąd patriarcha Kalikst w 1352 uznał Serbski Kościół Prawosławny za niekanoniczny i zmienił tę decyzję w roku następnym, po rozmowach z reprezentantami nowego patriarchatu.
Pod panowaniem tureckim Po opanowaniu ziem serbskich przez Turków Patriarchat Serbski został nieoficjalnie zlikwidowany, następnie w 1557 zalegalizowany ponownie. Część monasterów i cerkwi Kościoła została zamknięta, zaadaptowana na meczety lub zniszczona, prawosławni Serbowie byli represjami nakłaniani do przyjęcia islamu. W 1594 pod Belgradem władze tureckie spaliły relikwie św. Sawy. Duchowni prawosławni byli zaangażowani w serbski ruch narodowowyzwoleńczy, stąd w 1776 Patriarchat Serbski został ponownie zlikwidowany i podporządkowany Patriarchatowi Konstantynopolitańskiemu. Biskupi serbscy zostali usunięci z katedr i zastąpieni duchownymi greckimi.