Akta zakończonego postępowania delegat przekazywał ministrowi sprawiedliwości, który na ich podstawie formułował odpowiedni wniosek do Trybunału. Wniosek mógł dotyczyć: uzupełnienia akt, rozpisania rozprawy głównej, umorzenia sprawy lub przekazania jej do zwyczajnego sądu. Czynności oskarżycielskie przed Trybunałem pełnił minister sprawiedliwości albo w jego imieniu podsekretarz stanu lub wysoki urzędnik ministerstwa. Mogły być wykonywane także przez przedstawiciela Prokuratury Sądy Najwyższego albo przedstawiciel Prokuratury przy Najwyższym Sądzie Wojskowym. Rozprawę przeprowadzano w składzie sześciu członków i miała ona charakter jawny. Wyłączenie jawności mogło nastąpić ze względu na dobro publiczne. Podsądnemu przysługiwało, z urzędu, prawo do obrony. Orzeczenie Trybunału zapadało większością głosów, przy czym w wypadku orzeczenia uznającego oskarżonego winnym większość musiała być kwalifikowana i wynosiła 2/3 głosów. Trybunał miał charakter jednoinstancyjny i dlatego orzeczenia stawały się prawomocne z chwilą ogłoszenia.