Do klasztoru Pasjonistów w Rawie Mazwieckiej, jedynej własności zgromadzenia na terenach PolskiKlasztor w Przasnyszu i Sadowie znalazł się na terenach III Rzeszy, dołączył w 1940 roku. Po jakimś czasie klasztor ten zamienił się w szpital wojenny. „Zakonnicy, którzy powrócili w 1940 roku (B. Kryszkiewicz, o. Stefan Szafraniec, o. Tytus Kołakowski, o. Leon Morawski, trzej klerycy), rozpoczęli działalność duszpasterską, dołączając także do niej opiekę nad rannymi żołnierzami”Zob. Franciszek Budomik, Ojcowie Pasjoniści w Sadowiu 1932-1982. Z tego okresu pochodzą informacje, które nie mają potwierdzeń w dokumentach historycznych, dotyczące działalności o. Stefana Szafrańca w VI Oddziale ZWZ/AK w Rawie Mazowieckiej, jako kapelana tego oddziałuHenryk Damian Wojtyska, Historia Zgromadzenia Pasjonistów w Polsce, T. 2, Przasnysz 2007, s. 170. Nie jest też wymieniony w katalogach kapelanów podziemiaZob. Udział kapelanów wojskowych w II wojnie światowej, Warszawa 1984. Jednak ważną informacją w tej sprawie jest rękopis wspomnień Zofii Lisickiej (działaczka ruchu oporu), w którym pisze, że o. Stefan Szafraniec „(…)współpracował z czołowymi działaczami tego ruchu”Op. cit., H.D. Wojtyska, Historia…, s. 171 (przypis: 65).