Struktura użytkowania zlewni jest następująca: użytki rolne: 71% ogólnej powierzchni zlewni, lasy 19%, pozostałe 10% (głównie bagna i rozlewiska nad jeziorami Kusowo i Dobrcz). W skład zlewni całkowitej jeziora wchodzą dwa zbiorniki wodne: jezioro Kusowo (48 ha), jezioro Dobrcz (24 ha) oraz towarzyszące im rozlewisko o powierzchni 24 ha.
Wody jeziora Borówno mają ograniczony kontakt hydrauliczny z wodami podziemnymi, co powoduje że zasilanie z tego źródła stanowi niewielki procent w ogólnym bilansie wodnym akwenu.
W zlewni bezpośredniej jeziora występuje liczna zabudowa rekreacyjna w postaci kompleksu 350 ogrodów działkowych, które stanowią istotne źródło presji antropogenicznej.
Jakość wód Jezioro Borówno charakteryzuje się przeciętnym, II stopniem podatności wód na degradację. Do niekorzystnych cech zlewniowych jeziora należą: sposób użytkowania terenu z dominującą gospodarką rolną oraz niska wartość wskaźnika wydłużenia jeziora, co świadczy o słabych możliwościach rozcieńczania zanieczyszczeń z zewnątrz.
Stratyfikacja wód wynosi 11,3% co sugeruje, że są w nim sprzyjające warunki do rozwoju dużej produkcji pierwotnej. Ułatwia to przedostawanie się biogenów do strefy eutroficznej jeziora. Sprzyja temu także istnienie długotrwałych warunków beztlenowych.