Badania czystości wód jeziora przeprowadzane są od 1984 r. W latach 1986 i 1992 wody zakwalifikowano do II klasy czystości, choć kolejne badania wykazywały stopniowe pogarszanie się jakości wódStan czystości jeziora Borówno na podstawie badań w 2002 roku. Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszczy. 2003. W badaniu z 2002 r. odnotowano III klasę czystości wód. Na tym tle korzystne były wskaźniki troficzne jeziora takie jak np. przezroczystość wód (ok. 2,5 m, a latem ponad 3 m) oraz zawartość chlorofilu. Negatywny wpływ na stan czystości wód jeziora Borówno mają zbiorniki bezodpływowe na terenie ogrodów działkowych zlokalizowanych na wschodnim brzegu jeziora. Badanie przeprowadzone w 2009 r. przez Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Bydgoszczy wykazały dobry stan wód akwenu.
Pod względem troficznym jezioro należy do typu przejściowego mezo-eutroficznego.
Rybactwo Dzierżawcą jeziora Borówno jest Polski Związek Wędkarski. Gospodarka rybacka prowadzona jest w sposób charakterystyczny dla jezior użytkowanych turystycznie. Na akwenie tym prowadzi się jedynie odłowy kontrolne, w których pojawiają się leszcz, płoć i okoń.