Treść Emil składa się z pięciu ksiąg. W pierwszej z nich Rousseau odrzuca założenie, jakoby wychowanie miało służyć zdobyciu przez młodego człowieka zawodu i pozycji społecznej, lecz zapewnia, że wychowawca powinien starać się uczynić z dziecka „prawdziwego człowieka”. Karmienie nowo narodzonego chłopca jest obowiązkiem matki, nie zaś wynajętej mamki, jednak jedynym wychowawcą dziecka powinien być mężczyzna – ojciec lub wynajęty opiekun, posiadający pełną władzę nad chłopcem. Na czas wychowania Emil z wychowawcą mieszkają na wsi, by dziecko znajdowało się w stanie jak najbliższym naturze.
W księdze drugiej Rousseau nakazuje, aby wychowawca nie korzystał w edukacji z podręczników, gdyż chłopiec nie jest w stanie prawdziwie zrozumieć ich treści. Emil ma wyciągać wnioski z otaczającej go rzeczywistości, zaś do 12. roku życia skupiać się na kulturze fizycznej. Metoda taka, zwana wychowaniem negatywnym, ma zapewnić, by osiągnąwszy ten wiek, chłopiec był znacznie zręczniejszy i sprawniejszy od rówieśników, a także, by posiadał zdolność praktycznego myślenia.