Trzecia księga poświęcona jest wychowaniu pozytywnemu. Również i w tym czasie wychowawca przyczynia się do poszerzania wiedzy Emila wyłącznie poprzez jego własne doświadczenia, nie zaś książki (te, zdaniem Rousseau, ograniczają samodzielne myślenie). Nauczyciel pozostaje w cieniu – Emil ma sam zacząć zastanawiać się nad otaczającym go światem i wyciągać szersze wnioski (np. uczyć się geografii, rozpoczynając od obserwacji najbliższego otoczenia). Na tym etapie wychowania dziecko odbiera również naukę zawodu.
Księga czwarta poświęcona jest kwestii kształcenia sumienia Emila, która zostaje podjęta w wieku 15 lat (wcześniej, zdaniem Rousseau, dziecko nie byłoby w stanie zrozumieć pojęć związanych z religią, np. koncepcji duszy). Wychowawca nie wybiera religii dla chłopca, wychodząc z założenia, że powinien on świadomie, jako dorosły, przyjąć jedno z wyznań. Zamiast tego przedstawia mu „religię naturalną”, bliską deizmowi. Opowiada mu również o miłości i idealnej towarzyszce życia, jaką chciałby dla niego odnaleźć.