Miał wtedy reputację łączącego utrzymanie dyscypliny z doskonałymi relacjami z podległymi mu ludźmi. Zdarzało się nawet że żołnierze z ciężkimi przypadkami na polu naruszeń dyscypliny byli kierowani na jego okręt, w celu rozwiązania przez Wanklyna związanych z nimi problemów. W 1938 roku Malcolm Wanclyn ożenił się na Malcie, a swój miesiąc miodowy spędził w hotelu w Taormina w cieśninie Mesyńskiej, wobec jednak zbliżającej się wojny, dużą część tego czasu spędził przyglądając się cechom okolicy które mógłby zaraportować.

Służba wojskowa Po wstąpieniu do floty podwodnej Wanklyn służył kolejno na „Oberon”, L56, H50, i „Otway”. Pierwszym dowodzonym przez niego okrętem był HMS H32, na którym zastał go wybuch II wojny światowej. W pierwszych miesiącach wojny Malcolm David Wanklyn dowodził z bazy w Portsmouth dwoma starymi okrętami podwodnymi: H32 i H31, topiąc 18 lipca 1940 roku na Morzu Północnym niemiecki pomocniczy ścigacz okrętów podwodnych Uj-126. 31 października 1940 roku kapitan Wanklyn objął nowo wybudowany HMS „Upholder” typu U i w grudniu tegoż roku wypłynął z nim do bazy 10. Flotylli Okrętów Podwodnych na Malcie. 250px|thumb|13 stycznia 1942 roku, Malcolm Wanklym (po lewej) ze swoim pierwszym zastępcą Lt. J.