W roku 1971 była aresztowana za przestępstwo prowadzenia samochodu w stanie nietrzeźwości. 13 lutego 1975 r. Joanna Moore ponownie wyszła za mąż za dekarza Gary’ego L. Reevesa. Rozwiedli się w 1977 r.
Jej dzieci odwiedzały ją w Malibu. Po jej aresztowaniu, przegrała opiekę nad swoimi dziećmi. Przez późne lata 70. była wspierana finansowo przez córkę Tatum. W latach 80. była pięciokrotnie aresztowana za prowadzenie pojazdu w stanie nietrzeźwości.
W 1996 r. u Moore, która była wieloletnią palaczką papierosów, zdiagnozowano raka płuc. 22 listopada 1997 r. Joanna Moore zmarła na tę chorobę. Jej córka, Tatum O’Neal, była u jej boku w czasie jej śmierci. Pochówek Moore odbył się w Hillside Memorial Park w Redlands, w stanie Kalifornia, ale jej rodzina później przeniosła ciało do Oak Grove Cemetery w rodzinnym mieście Americus w stanie Georgia. Jej rodzina, składająca się przeważnie z aktorów, mówiła o niej jako o najlepszej aktorce w rodzinie.