Nie oznaczało to jednak zajęcia majątku „fabrica ecclesiae”; ten pozostał niezależny i służył dalej celom, do których został powołany.

Ustawa sekularyzacyjna (Reichsdeputationshauptschluss) z 1802 i przejście miasta Fryburg pod zwierzchność Wielkiego Księstwa Badenii w 1805 stworzyło samo przez się nową sytuację prawną. Wszystkie majątki kościelne znalazły się pod zarządem państwa. W 1813 został zniesiony patronat uniwersytetu.

Po założeniu arcybiskupstwa we Fryburgu na przestrzeni lat 1821–1927 i podniesieniu dotychczasowego kościoła do rangi katedry – siedziby arcybiskupa – powstała z prawnego punktu widzenia nowa sytuacja. Obok istniejącej dotychczas kościelnej „fabrica ecclesiae” pojawiła się taka sama instytucja o randze katedralnej, której głównym zadaniem było zaspokojenie bieżących potrzeb katedry w zakresie nabożeństw. Choć dokładny podział kompetencji pomiędzy obu instytucjami nie był jasny, nie dochodziło między nimi do sytuacji konfliktowych.