Cywile mieli być odtąd kierowani do obozu przejściowego utworzonego w podwarszawskim Pruszkowie.
Od 5 sierpnia napływ cywilów do kościoła św. Wojciecha nabrał charakteru masowego. Bywały dni, kiedy w gmachu świątyni przetrzymywano jednocześnie nawet do 5000 ludzi. Niemcy zamienili bowiem kościół w przejściowy obóz dla ludności cywilnej, w którym wypędzeni z domów warszawiacy mieli oczekiwać na transport do obozu w Pruszkowie. Początkowo do kościoła św. Wojciecha trafiali przede wszystkim mieszkańcy warszawskiej Woli, a w późniejszym okresie również mieszkańcy zajmowanych sukcesywnie przez Niemców północnych dzielnic Warszawy: Starego Miasta, Śródmieścia Północnego (zwłaszcza okolic Krakowskiego Przedmieścia) i Żoliborza. Zdarzały się również grupy wysiedleńców z Mokotowa. Pobyt uchodźców w kościele trwał zwykle od kilkunastu godzin do kilku dni. Transporty w kierunku Dworca Zachodniego (skąd wywożono wysiedlonych do Pruszkowa) organizowano dwa razy dziennie. Łącznie w okresie powstania warszawskiego przez kościół św. Wojciecha przeszło blisko 90 000 mieszkańców stolicy. W ten sposób stał się on się najbardziej znanym – obok targowiska warzywnego „Zieleniak” na Ochocie – punktem zbornym dla wypędzanej ludności Warszawy.