Po przybyciu do kościoła wysiedlonych dzielono na dwie grupy. Mężczyźni byli umieszczani w dolnym kościele, a kobiety i dzieci w górnym. Warunki w jakich przetrzymywano wypędzonych były fatalne. Większość, w tym ranni i chorzy, zmuszona była spać na kamiennych posadzkach i tylko nieliczni mieli szansę rozłożyć się na kościelnych ławach. Niemcy nie pozwalali wypędzonym opuszczać kościoła, przez co musieli załatwiać potrzeby naturalne wewnątrz gmachu. W rezultacie, cała przestrzeń za ołtarzem głównym została w krótkim czasie pokryta fekaliami. Ranni i chorzy pozbawieni byli przez długi czas jakiejkolwiek opieki medycznej.
Uwięzionych w kościele Polaków traktowano z wielką brutalnością. Na porządku dziennym było bicie i szykanowanie oraz grabież co cenniejszych przedmiotów osobistych. Wielokrotnie niemieccy żołnierze wyciągali z tłumu młode kobiety. Po części z nich ślad zaginął, a te, którym udało się powrócić opowiadały, że padły ofiarą gwałtu.