Ponadto w pierwszych dniach sierpnia w budynkach przy ulicy Sokołowskiej – usytuowanych naprzeciwko kościoła św. Wojciecha – Niemcy zorganizowali kwaterę tzw. Verbrennungskommando Warschau. W skład Verbrennungskommando wchodzili pochwyceni przez Niemców polscy mężczyźni, których zadaniem było uprzątanie i palenie zwłok ofiar rzezi Woli. Na Sokołowskiej przetrzymywano również więźniów z innych komand roboczych, których wykorzystywano do rozbierania barykad i innych prac fizycznychMieczysław Miniewski, ocalały członek Verbrennungskommando, zeznał po wojnie, że zwierzchnik komanda – SS-Obersturmführer Neumann – był jednocześnie komendantem obozu przejściowego w kościele św. Wojciecha. Funkcję jego zastępcy pełnił SS-Untersturmführer Bem..
W pierwszych dniach września 1944 do obozu trafił doktor Edward Kowalski – lekarz z powstańczego szpitala, którego Niemcy wzięli do niewoli na Starym Mieście. Za zgodą Niemców, Kowalski wraz z przydzielonym mu polskim personelem sanitarnym (felczer i osiem sanitariuszek) zorganizował w kościele prowizoryczny szpital. Początkowo personel sanitarny miał do dyspozycji jedynie niewielką liczbę lekarstw, koców i środków opatrunkowych, które uzyskiwano od uwięzionych w kościele ludzi. Sytuacja poprawiła się nieco, gdy Niemcy pozwolili Kowalskiemu korzystać z zapasów pobliskiego Szpitala Wolskiego.