Powróciwszy do kraju podjął przerwane studia na Uniwersytecie Warszawskim, pracując równocześnie jako nauczyciel zarówno na pensjach, jak i na rozmaitych kursach. W 1887 uzyskał stopień kandydata nauk i świadectwo nauczyciela domowego. Wygłaszał liczne odczyty z dziedziny nauk przyrodniczych m.in. w Stowarzyszeniu Nauczycielstwa Polskiego, Polskim Towarzystwie Krajoznawczym (którego był współzałożycielemCmentarz żydowski w Warszawie s. 15), Towarzystwie Ogrodniczym czy Towarzystwie Miłośników Przyrody.
Był także wykładowcą w Uniwersytecie Latającym, który wykształcił rzesze późniejszych działaczek społecznych czy nauczycielek. Władze carskie odebrały Heilpernowi uprawnienia do nauczania w szkołach za „nieprawomyślność” i nauczanie po polsku. W tej sytuacji w 1891 r. Heilpern podjął pracę nauczyciela w warsztatach rzemieślniczych imienia dr Ludwika Natansona, przekształconych później w szkołę rzemieślniczą dla młodzieży żydowskiej. Warsztaty te miały na celu nie tylko wykształcenie rzemieślników Żydów, lecz także danie uczniom pewnej ilości ogólnej wiedzy i wyrobienie w niej postaw społecznych. Heilpern pracował w tych zakładach przez 33 lata, nie tylko organizując je, lecz również tworząc podręczniki.