Samolot napędzały dwa silniki odrzutowe Mitsubishi Ne-330 będące powiększoną kopią niemieckich jednostek napędowych BMW 003A.
Wersje R2Y2 – projektowana wersja podstawowa, w której dwa silniki Mitsubishi Ne-330 umieszczone były w dwóch gondolach silnikowych pod skrzydłami po obu stronach kadłuba. Podobne rozwiązanie zastosowali brytyjscy konstruktorzy w samolocie Gloster Meteor. R2Y2 Kai I – wersja, w której silniki miały zostać umieszczone w kadłubie po obu jego stronach. Wloty powietrza do silników zainstalowano w przykadłubowej krawędzi natarcia skrzydła. Dysze wylotowe gazów silnikowych również umieszczone zostały przy kadłubie po obu jego stronach. Dzięki takiemu rozwiązaniu samolot miał mieć zdecydowanie bardziej aerodynamiczną sylwetkę a tym samym osiągać większą prędkość. R2Y2 Kai II – projektowana wersja, w której wlot powietrza do silników umieszczonych w kadłubie zainstalowany był z przodu samolotu na jego dziobie. Podobne rozwiązanie zastosowali radzieccy konstruktorzy między innymi w samolocie MiG-15.