Dowództwo na morzu Kolejnym przydziałem komandora Fishera było dowództwo (flag captain) na okręcie flagowym admirała Astleya Coopera Keya, pancerniku „Bellerophon”, przygotowywanym w stoczni do rejsu na wody północnego Atlantyku, gdzie miał dołączyć do tamtejszej eskadry Royal Navy. W czerwcu 1878 roku przeszedł wraz ze swym admirałem na równoległe stanowisko na pancerniku „Hercules”, służącym we La Manche (Channel Fleet). W styczniu 1879 roku John Fisher objął dowództwo starej drewnianej opancerzonej korwety „Pallas”, wchodzącej w skład Floty Śródziemnomorskiej. Podczas półrocznej służby na Morzu Śródziemnym jego okręt odbył między innymi oficjalną wizytę w Konstantynopolu, gdzie dowódca był podejmowany obiadem przez sułtana Abdulhamida II.
Od września 1879 roku komandor Fisher ponownie został przydzielony do Eskadry Północnoatlantyckiej, jako dowódca krążownika pancernego „Northampton”, okrętu wyposażonego w wiele nowinek technicznych, takich jak dwie śruby na oddzielnych wałach napędowych, wewnętrzna instalacja telefoniczna, reflektory bojowe czy nowoczesne wyposażenie nawigacyjne.